Dele af Mors indgår i tre Natura 2000-områder: Dråby Vig og Buksør Odde, Feggeklit og Skarregård-området indgår i et stort område, der også omfatter Vejlerne, Livø og en stor del af Løgstør Bredning. Endelig er et stort område med Agerø som centrum Natura 2000 område.